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 Conformément aux dispositions de décret exécutif n°03-279 du 23 août 2003 fixant les missions et les règles particulières d’organisation et de fonctionnement de l’Université  confirmé par l’arrêté interministériel du 24 aout 2004 fixant l’organisation administrative du Rectorat de la faculté, de l’Institut et de l’annexe universitaire et ses services communs.

La sous-direction du budget et de la comptabilité est chargée de :
— préparer le projet de budget de l’université sur la base des propositions des doyens de facultés, des directeurs d’instituts et annexes,
— suivre l’exécution du budget de l’université,
— préparer les délégations de crédits aux doyens de facultés, directeurs d’instituts et d’annexes et assurer le contrôle de leur exécution,
— suivre le financement des activités de recherche assurées par les laboratoires et les unités,
— tenir à jour la comptabilité de l’université.
Elle comprend les services suivants :
- le service du budget et de la comptabilité,
- le service du financement des activités de recherche,
- le service du contrôle de gestion et des marchés.